小规模纳税人销售与机构所在地不在同一地区的厂房，是否需要预缴增值税？

需要预缴增值税。《财政部 税务总局关于对增值税小规模纳税人免征增值税的公告》（财政部 税务总局公告2022年第15号）规定，自2022年4月1日至2022年12月31日，小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，免征增值税；适用3%预征率的预缴增值税项目，暂停预缴增值税。 

按照《营业税改征增值税试点有关事项的规定》财税〔2016〕36号附件2）规定，小规模纳税人销售不动产适用5%征收率。因此，你公司销售与机构所在地不在同一县（市、区）的厂房，不适用2022年第15号公告的规定，需按现行规定在不动产所在地预缴增值税。